[lelelodigiani]

Ciao, premettendo che anche il mio parare è "secondo me", perchè non ho altre esperienze e non ho la tua macchina sottomano, ci sono alcune cose che potrebbero non andare:
1 - I motori non sono abbastanza potenti e non ce la fanno ad andare oltre un certo numero di giri al secondo, vuoi perchè i motori siano effettivamente deboli, vuoi perchè la meccanica ha dei punti duri, vuoi perchè tutto l'accrocchio è troppo pesante, ma comunque il succo non cambia.
2 -I motori sono abbastanza potenti ma sono sottoalimentati, quindi non erogano la potenza che potrebbero erogare.

In tutto il tuo ragionamento ( che ammetto che in alcuni punti mi viene difficile seguire, ma probabilmente è l'ora tarda) c'è qualcosa che non mi quadra:
Il fatto che i motori vadano a scatti non c'entra nulla con il fatto che tu abbia viti di passo diverso su asse x e Y. Cerco di spiegarmi meglio: se tu hai correttamente impostato i passi della vite nella schermata di impostazione della tavola GMFC si comporterà di conseguenza.
Se fai muovere entrambi gli assi di 10 cm partiranno e arriveranno assieme e sarà lui a dire ai motori di fare più o meno passi in base ai parametri che tu hai messo. GMFC non fa andare a scatto i motori perchè variano i parametri della vite, i motori vanno a scatti perchè perdono passi, e il programma non c'entra nulla. Io con la mia vecchia macchina, se volevo andare a 5 mm/s i motori andavano a scatti, ma era un problema di meccanica, ti assicuro che il software non c'entra niente, sono due cose ben diverse.
Tutti gli assi partono ed arrivano contemporaneamente per una questione di pulizia del taglio: se un'asse arrivasse prima una parte brucerebbe più dell'altra.
Le cose "sul campo" stanno così, è nella logica del taglio.
Se poi vuoi muovere un asse di 100 mm e uno di 300, non cambia nulla: il movimento degli assi inizia e finisce sempre contemporaneamente, semplicemente i motori si muoveranno a velocità diverse a seconda della distanza e del passo della vite impostato. se vanno a scatti è un problema di meccanica dura o motori deboli o sottoalimentati, non c'è altro motivo.
Parti con velocità basse e alza poco per volta sino a quando i motori non si impuntano, a questo punto saprai qual è il limte della macchina e basterà abbassare un pochino questo valore.
Potresti dirci le caratteristiche dei motori che usi e le barre che hai montato ? Un paio di foto della macchina ?
Pe quel che riguarda la tua domanda: no, non c'è nessuna differenza nella gestione dei motori tra manuale e automatico, cambiano solo distanze e velocità in base alle tue impostazioni. Sono sicuro che devi solo trovare la velocità massima al di sotto della quale i motori non perdono passi.
Spero che ti sia un po' più chiaro.

Ciao

Lele