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Bhé, non dovrebbe essere difficile da configurare!
Il firmware é quello per i Rover.
Il FRAME_CLASS da inserire é il valore 2 (Boat).
Le uscite che vanno a pilotare i 2 motori (a scelta tra quelli che ci sono, é indifferente), vanno impostati i valori 73 (per il motore Sinistro) e 74 (per il motore destro);
Ovviamente vá controllato il senso di rotazione dei motori ma é sconsigliato invertirli su Mission Planner (i regolatori, di solito, hanno preferenze per la direzione di marcia, in avanti si ha piú potenza).

Dopo aver fatto questi settaggi base, si configurano gli altri come se fosse un Rover normale (velocitá massima, PID etc etc)!

Per lo sportello, invece, dipende da cosa si usa per aprirlo:
Se si usa un servo, il metodo piú semplice ed efficace e quello di usare l'uscita impostata come scatto fotocamera (valore 10: Camera Trigger) e impostare i parametri relativi in modo adeguato (esempio, CAM_DURATION per impostare per quanto tempo rimane aperto lo sportello).
Se, invece, si usa un elettromagnete, 2 scelte: O si usa un interruttore elettronico RC e si configura come sopra oppure si imposta il canale di uscita come uscita digitale I/O e si vá a pilotare direttamente un Mosfet collegato all'eletromagnete. In quest'ultimo caso, é un pó piú difficile da configurare e si é obbligati a usare una delle porte superiori (AUX 4, per esempio) peró il risultato é uguale.

In ogni caso, userei la funzione di scatto camera per aprire lo sportello. é molto piú intuitivo inserire sulla missione lo scatto fotocamera che un movimento del servo. (E, in piú, su mission planner viene fuori una icona che indica dove ha fatto la "foto").

PS: per le batterie, sconsiglio sempre l'uso di 2 batterie separate. Meglio collegarle assieme o usarne 1 sola. Comunque si puó fare in modo che la FC possa controllarle entrambe (sia in corrente e sia in voltaggio), ma bisogna mettere 2 sensori, 1 per batteria!