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È indifferente su quale canale posizioni la Y, l'importante è che arrivi tensione.
Sul trainatore di un amico avendo utilizzato tutti i canali della ricevente, dal momento che l'alimentazione tramite centralina prevedeva due uscite 6V, abbiamo risolto come ti ha suggerito italo qui: due Y, una posta sul servo dello sgancio ed una sul servo del ruotino.

Se ho ben capito però, tu vuoi collegare la Y sul canale del motore, ed hai un modello motorizzato elettrico: dipende tutto dal tipo di ESC.
Se BEC/SBEC/UBEC provvede da solo a filtrare la corrente in ingresso e fornire 5-6V di alimentazione alla ricevente attraverso la spinetta con cui si collega al canale del gas.
Se OPTO invece, l'ESC funziona al pari di un servo del gas, quindi regola solo l'apertura del gas, e richiede quindi alimentazione da parte della ricevente.

La differenza tra OPTO e BEC è che i primi hanno solo 2 cavi nella spinetta che va alla ricevente (i due esterni, nero e bianco/giallo), mentre i secondi hanno tre cavi come un comune servo, proprio perchè il rosso centrale porta alimentazione alla ricevente.

Attento quindi a non collegare un'alimentazione esterna ausiliaria se il tuo regolatore provvede già da sè a fornire corrente all'elettronica di bordo.

Nel dubbio, e per maggior sicurezza, se il peso te lo permette in caso avessi un ESC con BEC, puoi rimuovere il cavetto rosso ed isolarlo, andando ad alimentare la ricevente tramite Y con una semplice batteria life che fornisce 6V costanti all'elettronica di bordo.