[carcan]

I pcb (industriali) a 2 facce e multistrato hanno numerosi punti di collegamento tra un piano e l' altro. I collegamenti sono sempre in presenza dei fori, nei pcb con componenti smd (senza reofori) troverai dei forellini, con componenti "classici" il collegamento è nel foro del reoforo stesso.
Probabilmente eaglecad prevede la configurazione dei vari parametri (distanza minima tra componenti, collegamenti in prossimità dei reofori ecc) che determinano il pcb generato.
Detto questo direi che hai fatto un ottimi lavoro.