a me sembra anche che, le due batterie che hai collegato hanno capacità in mhA diverse, converrebbe che le carichi a pacchi singoli e non in parallelo e/o in serie..
PS
guardando bene la foto pero' mi sembra sia un caricabatterie duale, e quindi carica i pacchi singolarmente..
non rimane che capire se hai impostato l'amperaggio di carica corretto, teoricamente la manopola andrebbe posizionata sul valore piu vicino a quello di targa della batteria.. in modo che in quelle 12 ore di ricarica prenda appunto il totale della carica.
se tu hai una batteria da 1 A/h imposti 1000mha/h (1A/h) lui carica le batterie a circa 100mha per 12 ore che fanno appunto 1 ampere in 12 ore (considerando anche piccole perdite e autoscarica della batteria)