sali ancora metti tra uno step e l'altro 5 ms.. o anche di piu.. oppure parti da un valore altino e scendi piano piano ma usa la funzione che sposta gli assi di un tot non usare le freccine... quelle vano male di suo!.
anche io ho avuto questi problemi.. che svaniscono magicamente.. prova anche a settare tutto chiudere il programma e riaprirlo, a volte ho la sensazione che non prenda le modifiche, ma tenga in memoria i valori precedenti.

io credo che come per il trucco del pulsante premuto al boot... succeda qualcosa al boot ogni tanto....

non so se sarebbe il caso di avviare prima il PC e poi accendere la scheda e aspettare qualche seconfo che finisca bene la suaprovedura di timing prima di fare qualsiasi cosa.