La tua NiMh la caricavi a circa 1200mA se ci metteva quasi 6 ore.
La LiPo ti ci ha messo 1 ora proprio perchè l'hai caricata a 5400mA. Lei è una 5400mAh (milliAmpere/Hour = milliampere all'ora) quindi se tu gli dai 5400mA in un ora si ricarica

Se jene dai 2700 si ricaricherà in 2 ore, se jene davi 10800 si ricaricava in mezz'ora e così via...
Come ti aveva detto Solerosso, se erano nuove ti conveniva "rodarle", cioè fare qualche ciclo di carica/scarica lenti. Il fatto che non si è caricata al 100% potrebbe essere anche quello

magari le prossime volte caricala a 2700mA (o di meno) se non vai di fretta

dopo un po di ricariche penso che arrivi al 100%
Zau
PS: Non ricaricarle a 10800mA... era un esempio per farti capire il tempo di ricarica