Per la comunicazione I2C è importante che i livelli del segnale siano congrui, cioè se la MPU prevede sui segnali SCK e SDA un livello di 3,3V anche il micro deve poter funzionare con tali tensioni e le resistenze di pull up vanno connesse al +3,3V e di valore adatto (3,3kohm in genere vanno bene) nel caso ambedue i dispositivi abbiano i pin 5V tollerant è bene mettere le resistenze di pull up (4,7kohm) al +5V.
Altro punto importante è, se possibile, configurare i pin in modo Open Drain e non PushPull; essendo i segnali SDA e SCK non bilanciati non penso sia indicato usare un doppino twistato, meglio un classico flat cable.