[Mach .99]

Non ho capito, hanno lo stesso errore?
Se si basta modificare gli step/mm nel firmware

prova a modificarli secondo la formuletta:

Step nuovi = dimensione voluta x step attuali : dimensione reale

cioè
Step da impostare = 40mm x step che hai : 41mm

più grande fai la prova e più grande sarà l'errore ed accurata la correzione
Se riesci fai un quadrato di 15/20 cm di lato, tipo una cornice vuota di 20x20 o una L se vuoi risparmiare tempo
una roba del genere in allegato