Non conosco molto Arduino ed il relativo micro però hai provato a giocare con i Pull-Up o Pull-Dwn sugli ingressi digitali che usi ?
Se gli impulsi in uscita dalla Rx sono positivi prova a mettere un diodo in serie al collegamento con Arduino, anodo alla rx e catodo ad Arduino.
Se hai un pull-up attivo su Arduino ed impulsi negativi dalla Rx inverti i collegamenti del diodo.
