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Il settaggio relativo alle lipo o alle nimh è relativo solo al valore di cutoff, ovvero se una lipo taglia a 3.3V/cella, una nimh taglia a 0.9V/cella.
Quando colleghi una nimh e sei in modalità lipo, magari te la riconosce come una 3S quando in realtà hai 9 elementi, perciò secondo il regolatore il cutoff per lipo 3S è a circa 9.9V, mentre in realtà il cutoff per nimh è a 8.8V.
Se così fosse, non ci sono problemi dato che il cutoff per lipo è più alto delle nimh.
Se invece hai impostato un cutoff per nimh e non lo selezioni per lipo, scendere sotto i 3V/cella significa stressare molto gli elementi della batteria, quindi rovinarla ed accorciarle la vita.

Valuta tu innanzitutto a quanto Volt/cella è impostato il cutoff per lipo e per nimh, e scegli tu per quale delle due tipologie ti conviene impostarlo.
È pur sempre preferibile atterrare prima che il regolatore tagli, proprio per non ridurre a zero la carica della lipo!