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Il "capacity cut-off" è il limite massimo di corrente da inserire nella batteria, infatti andrebbe sempre impostato sotto il valore nominale della batteria stessa per evitare un "overload" di corrente, con rischi per la salute della batteria stessa.
Se la capacità della batteria è 5000 mAh, il massimo che potrai caricare in quella batteria, supponendo che sia completamente scarica, sono 5000 mAh.

Una batteria usata che raggiunge i 3 volt cella, comunque contiene un minimo di corrente ancora disponibile (nell'ordine - medio - di 3/400 mAh), altrimenti sarebbe completamente morta.
Se il tuo CB si blocca con quel cut-off impostato al valore della batteria, vuol dire che c'è qualche problema nel CB, ovvero che non ha una lettura precisa della tensione delle celle. Molti CB possono essere tarati manualmente nella lettura delle celle, proprio perché le tarature di fabbrica non sempre sono corrette (specialmente nei CB a basso costo).