In genere gli anelli di ferrite si mettono a pochi cm dalle estremità dei cavi di potenza, mettine uno vicino al micro ed uno vicino al motore, dovresti eliminare le criticità, meglio sarebbe anche usare un cavo schermato per alimentare il motore, sempre con la calza saldata a massa solo sulla scheda micro.
Importante è anche mettere una ferrite smd fra i +3.3V provenienti dal regolatore ed il pin Vcc del micro, a pochi mm dallo stesso pin devi mettere un condensatore ceramico da 10nF ed un elettrolitico al tantalio da 10uF di bypass verso massa.
Non so come hai realizzato la scheda micro e quella di potenza ma è assai consigliabile farle a 4 strati, il primo strato interno (quello dal lato componenti) deve essere il GND a piena scheda; il layer successivo (3°) va dedicato alle alimentazioni sia di potenza che interne, importantissima è anche la disposizione dei componenti sulla scheda.
