No le uscite come avevo detto si riferiscono al PWM che comanda il motore, sono le uscite di potenza che vanno al motore.
Comunque forse ho trovato la soluzione a questo problema. Dovrebbe trattarsi al 100% delle interferenze prodotte dal motore visto che ho avvolto tutti i fili che vanno al motore, non solo le due uscite pwm, ad un anello di ferrite e adesso sembra che funziona tutto.
La cosa è comunque abbastanza inquietante perchè a seconda di come disponi i fili nella scatola e di dove metti gli anelli di ferrite il problema si manifesta oppure no. Se l'anello di ferrite sta vicino al micro è un problema? Mi sta capitando adesso che a volte il micro si impalla e devo spegnere e riaccendere.