Le uniche cause possibili sono:
dimensionamento appena differente dei cuscinetti sostituiti, oppure nel non aver spinto fino in fondo il cono di bloccaggio del trascinaelica (se questi è dotato appunto di cono di bloccaggio e non di chiavetta), oppure nella mancanza di un rasamento che invece ritenevi non ci fosse....oppure ancora il giogo esisteva anche prima di smontare il motore e non te ne sei accorto!
Esisterebbe anche un'altra possibilità cioè che i cuscinetti in origine non fossero spinti fino in fondo nella propria sede nel carter, ma la ritengo davvero impossibile e da escludere...cmq all'infuori di quanto scritto in precedenza, se non esiste alcuna discrepanza nei due alberi (l'originale e il ricambio) NON possono sussistere altri motivi oltre quelli elencati!!
Se davvero ritieni che i cuscinetti siano sprofondati nella loro sede nel carter, significherebbe che quest'ultimo ha subito un danno e dovrebbe essere sostituito!