Se gli assi Y anno spostamenti corrispondenti a quanto impostato e gli assi X no, così a distanza si può solo chiederti di rifare i controlli sul passo delle barre filettate, passo dei motori, le impostazione della tavola.
Fai un "screen shot" della pagina di impostazioni di GMFC, a me capita di incaponirmi su cose che ad uno sguardo esterno risultano errate.
Posta anche una foto della tua CNC.
Disegna un quadrato e fai un taglio di prova, se non l'hai già fatto.