se le lipo sono buone e trattate bene non dovrebbero sbilanciarsi.... se lo fanno, vuol dire che la cella che si scarica di più ha qualche problema a quel punto il pacco va tenuto sotto osservazione e bilanciato sempre.
Come si capisce che un pacco è sbilanciato? semplicemente con un Voltmetro (tester)
Poi tutto dipende da cosa si usa per bilanciare, gli ultimi caricabatterie hanno gli appositi connettori, che controllano la carica e bilanciano in un unico passaggio. Anche se hai un bilanciatore esterno al caricabatterie credo che dovresti collegarlo durante la carica e non dopo (
ma per questo esistono i libretti di istruzioni! 
), dovrebbe semplicemente occuparsi di bruciare l'energia in eccesso della cella che durante la carica si carica prima delle altre.