ciao, anche io sto -tentando- di costruire un sub Rc (il seawolf), e devo dire che mi fa tribolare abbastanza. La tua idea secondo me non è male, direi che si avvicina di più ad un ROV (Remoted Operated Veichle): sono apparecchi usati principalmente nell'industria Off-shore. Sono più o mento neutri in acqua e si muovono in tutte le direzioni per mezzo di eliche (fino ad 8). Manovrabilità e precisione estreme. Sono però collegati alla nave mediante un ombelicale che trasporta potenza e segnale.
Se non ho capito male vuoi farlo negativo (cioè in acqua affonda), e emergere solo sotto la spinta delle eliche orizzontali. Secondo me è piuttosto pericoloso: in caso di malfunzionamento rimane sotto...

. Forse farei il contrario: positivo e può scendere solo dando potenza. Questo però , come già ti hanno detto, comporta un consumo di batteria più elevato.
Per le eliche: in plastica le trovi in svariati negozi di modellismo (anche jonathan), in ottone sono molto belle quelle della raboesch. Penso che ti servano eliche con poco passo (più spinta e precisione nei movimenti lenti)
Alcuni link specifici per le barche/sub
Cornwall Model Boats - Static display and radio control model boat kits including period wooden model ships.Model Ship fittings, Caldercraft Boats SubTech RC , RC Submarine, Robbe, OTW, Engel, Model Boat Fittings HRCM - Hydro RC Mania
Ciao