I due esterni, nero e rosso sono collegati internamente al nero e rosso di potenza e devono avere tra loro la stessa tensione, ma il centrale, anche lui rosso, é l'intermedio delle due celle.....

Quindi tra nero e rosso centrale hai una cella e tra rosso centrale e rosso laterale la seconda cella....

ok, ora sono riuscito a far partire la carica con programma lipo, ma dopo 2 ore ancora non ha finito di caricare, ho fatto le misurazioni delle celle e siamo a 4,20 volt una e l'altra è a 4,16.

Può essere normale. Se le due celle erano molto sbilanciate, ci vuole del tempo per ribilanciarle bene. Se poi avevi impostato una corrente di carica bassa, i tempi aumentano di molto.
Considera che il CB considera una cella carica quando raggiunge i 4,20V. ALcuni CB eseguono la misura a vuoto, ovvero scollegano l'alimentazione e controllano a che tensione è arrivata la cella, altri CB controllano la corrente assorbita dalla cella per arrivare a 4,20V. Se la corrente è meno del 10% della corrente nominale di carica, allora considerano terminata la ricarica, altrimenti insistono. Se hai impostato una corrente di carica inferiore al dovuto (ovvero alla capacità nominale della cella), il CB interromperà la carica solo quando la corrente assorbita diventerà molto bassa.... ovvero tra qualche ora.

Carlo